游戏一开始，玩家就会发现背景设定并非简单复刻历史上的那场鏖战。而是在此基础上，加入了妖星降世这一超自然现象。这颗妖星的出现打破了三国世界的平衡，使得各种神秘力量乍现人世，催生了众多拥有异能的英雄。
剧情伊始，玩家扮演的角色正是在妖星现世之时降生的少年英雄。这位主角因妖星的影响，拥有了觉醒未知力量的可能性，但同样，这种力量也使他成为了众多势力眼中的焦点。在经历了一系列的成长历程后，主角渐渐揭开了妖星给这个世界带来的秘密和危机。
随着剧情的推进，玩家会陆续遇见历史上的三国名将，如刘备、关羽、张飞、曹操、孙权等，他们的形象和性格都或多或少被赋予了一些神话色彩。各个英雄也根据妖星的影响而拥有不同的异能，玩家需要不断与他们交互，结成盟友，甚至在某些关键时刻与他们决一死战。
在妖星现世的背景之下，各地纷争不断。原本就兵荒马乱的三国世界，因为妖星的降临变得更加混乱。玩家不仅要参与历史的大战，还需要对抗因妖星出现而诞生的怪物和邪恶力量。在这个过程中，主角的力量也在不断觉醒，但这种力量是否能够终结妖星的黑暗，还需要玩家一步步探索和证明。
剧情高潮部分，玩家将揭开妖星现世的真相是历史上著名的妖术师张角利用邪法召唤而来，意图以此控制三国的力量，一统江山。面对张角的野心和强大力量，三国的英雄们也开始意识到单打独斗已无法平息天下大乱。这促使历史上的仇敌放下前嫌，联手制止张角的狂妄行为。
在游戏的后期，玩家的角色经历了重重考验，拥有足以对抗张角的力量。三国的联盟也终于准备好共同迎战。在一场激烈的战役中，玩家将领导合纵连横的英雄联盟对抗张角及其召唤出的妖星兽军团。经过一番苦战，玩家和盟友们最终打败了张角，消散了妖星的力量，平息了这场动乱。
《少年三国志2妖星现世》的剧情不仅仅在于讲述主角如何成长为英雄，更重要的是通过富有想象力的故事背景，以及对传统三国故事的重新演绎，让玩家在享受游戏乐趣的也能体会到团结、成长和勇气的重要性。通过完成各类任务和战斗，玩家可以不断深入这个由妖星影响下的三国世界，体验一个既充满冒险也包含了策略性质的奇幻旅程。
