高校区作为《明日之后》中的一个经典地图，蕴藏着丰富的资源和挑战。特别是闻名遐迩的高校99层，这是一个特殊的副本区域，每层都有不同的任务和挑战。随着游戏的更新和发展，玩家们逐渐发现了隐藏在普通关卡之中的那些“秘密关卡”，即隐藏关卡。隐藏关卡不仅为“校园生活”增加了更多乐趣，也带来了更加丰富的奖励。
在高校99层的第10层中，有一间不太起眼的档案室。一般情况下，玩家可能只是匆匆经过，但仔细探索会发现一个隐藏开关，激活后会打开一扇通往秘密档案室的隐蔽门。玩家能找到大量的文件资料和稀有材料，如果将文件资料集齐，还可以得到额外的奖励。
在第30层的一间废弃的音乐室里，有一道上锁的门。要进入这个隐藏的音乐室，玩家需要找到门的钥匙，这把钥匙常常在与僵尸战斗后的战利品中获得。这个音乐室内藏有一些珍贵的音乐作品和面具，对于收集家来说，绝对是不可错过的机会。
在第55层的图书馆，藏着一个只有少数人知晓的秘密研究室，可以通过一系列复杂的线索找到。玩家要在图书馆中寻找特殊的书籍，并按照特定顺序排列，才能揭开进入秘密研究室的路径。这个研究室内不仅有丰富的科研材料，还有机会与NPC交流，获得独家任务和以往不同的游戏体验。
高校99层体育馆具有多种挑战模式，但在第80层的体育馆下，隐藏着一个训练场的密室。玩家需要在体育馆中找到一个被遗忘的地下通道，进入后将面对一系列特别设计的体能训练挑战。通过这些特训，玩家不仅可以获得体力的极大提升，还有机会拿到体育用品和装备。
当玩家在99层的所有普通关卡和隐藏关卡中获得胜利后，最后隐藏的真相室将会开启。这里并不设有常规的打斗挑战，而是需要玩家使用之前所有收集到的线索、资料和知识进行一场脑力激战。战胜这个层面的挑战，将意味着玩家对“明日之后”在高校区的故事有了深入的理解，并将获得游戏中极为珍贵的奖励。
